福建工程学院现有三个校区，分别是旗山校区、鳝溪校区和浦东校区，各校区在地理位置、办学功能和设施条件上各具特色。
旗山校区是学校的主校区，位于福州市闽侯县上街镇福州大学城，总占地面积1200多亩。校区依溪而建，建筑风格现代大气，教学、科研与生活设施善，是本科教学的核心区域。这里集中了学校多数优势学科，如土木工程学院、机械与汽车工程学院、信息科学与工程学院、管理学院等，涵盖了工科、管理、设计等多个领域。校区内拥有现代化图书馆、实验实训中心、标准运动场、室内体育馆等，学生宿舍以4-6人间为主，配备空调、独立卫浴，生活便利。作为主校区，旗山校区资源集中，学术氛围浓厚，是多数本科生学习生活的主要场所。
鳝溪校区位于福州市晋安区鳝溪，占地面积约200亩，地处市区边缘，周边生活配套成熟。该校区主要承担部分本科专业教学任务，设有交通运输学院、材料科学与工程学院、生态环境与城市建设学院等，聚焦交通工程、材料科学、环境工程等特色领域。校区建筑布局紧凑，虽面积小于旗山校区，但教学设施齐全，实验室、教室配置满足专业需求，且靠近市区，学生出行及生活便利性较高。
浦东校区位于福州市鼓楼区浦东村，占地面积较小，主要定位为继续教育与成人学历教育基地，承担成人高考、自考助学等非全日制教育任务，办学规模相对有限，以满足社会在职人员的学历提升需求为主。
综合来看，旗山校区是三个校区中综合条件最好的。其不仅面积最大、设施最新，还集中了学校核心学科与优质教学资源，学术环境与生活配套均处于优先水平，适合全日制本科阶段的学习与成长。鳝溪校区凭借地理位置优势，为特定专业学生提供便利；浦东校区则侧重继续教育功能，各校区根据办学定位发挥着不同作用。