阴谋论者常将该公司与UFO目击、Area 51关联，声称其主导逆向工程外星科技、隐藏人类与地外文明接触的证据。此类描述多基于网络论坛的猜测与虚构内容，任何可追溯的原始资料或官方文件支撑。
从权威信息来源看，美国政府公开的机构册名单、联邦预算记录中均“奥秘公司”的任何痕迹。美国情报部门、国家航空航天局NASA、国防部等官方机构多次回应相关质疑，明确否认存在此类秘密组织。全球知名事实核查机构Snopes、FactCheck.org也通过调查指出，“美国奥秘公司”属于典型的虚假阴谋论，其信息传播全脱离现实依据。
部分阴谋论可能误将某些涉密但已公开的政府项目与“奥秘公司”混淆——例如冷战时期的U-2侦察机项目曾因保密需要对外模糊表述，但此类项目均在后期公开了官方记录与人员信息，与“奥秘公司”的神秘虚构形象全不同。此外，一些科幻作品中类似设定的角色，也可能被误传为现实存在的组织。
简言之，“美国奥秘公司”并非真实存在的实体机构，其传播依赖于对未知领域的猜测与阴谋论的放大，任何可靠证据可证实其存在。