《痞子英雄》开篇，海港城刑警陈在天以“痞子”姿态登场，靠着伪造身份和玩世不恭的态度混进南区分局，与严谨正直的刑警吴英雄成为搭档。第一集“痞子的正义”中，两人因一宗银行抢劫案首次合作，陈在天靠街头智慧与线人情报找到突破口，吴英雄则坚持程序正义，冲突不断却意外破获案件，埋下性格互补的伏笔。
第二集“英雄的坚持”围绕一起军火走私案展开，吴英雄追查线索时发现案件与黑道势力“三联会”有关，而陈在天因与三联会千金陈琳的暧昧关系被卷入其中。两人在审讯关键证人时再次爆发争执，吴英雄质疑陈在天的底线，陈在天则嘲讽对方不懂变通，最终却在联手下揪出内鬼，展现出“痞气”与“正气”的微妙平衡。
第三集“迷雾中的真相”中，连环杀人案浮出水面，受害者均与十年前的“梦幻天堂”事件相关。陈在天的神秘过去逐渐显露——他丢失的记忆碎片中频繁出现“萨克奇”组织的符号。吴英雄在追查中发现警方高层似乎在掩盖真相，而陈琳意外成为凶手的下一个目标，迫使陈在天首次展现出超越“痞子”的责任感，与吴英雄共同保护陈琳。
第四集“联手的契机”中，陈在天被陷害为杀人嫌犯，吴英雄在证据与信任间挣扎。三联会会长 HELP 哥为救女儿陈琳提供关键线索，揭露“萨克奇”是操控海港城的秘密组织。陈在天在逃亡中恢复部分记忆，证实自己曾是“萨克奇”的实验体，而吴英雄也发现当年“梦幻天堂”事件的死者正是自己的恩师。两人在真相面前放下隔阂，决定联手对抗幕后黑手。
第五集“终极对决”中，陈在天与吴英雄深入“萨克奇”基地，与头目蓝西英展开智勇博弈。陈琳为保护陈在天中枪，激发两人的战斗决心。最终，他们揭露了“萨克奇”利用基因实验政商的阴谋，吴英雄以法律制裁罪犯，陈在天则选择带着记忆的谜团离开，留下“痞子”与“英雄”未待续的传奇。
全剧以单元案件串联主线，每集通过冲突与合作推动人物成长，陈在天从玩世不恭到背负使命，吴英雄从坚守规则到学会变通，两人在罪案迷雾中成从对立到信任的蜕变，勾勒出海港城正义与黑暗的较量。