个人所得税年度汇算中，“通过扣缴义务人申报”与“综合所得年度自行申报”是两种主要方式，退税金额的差异主要源于专项附加扣除的填报时机和范围。通常情况下，综合所得年度自行申报可能带来更多退税，但需根据个人实际情况判断。
通过扣缴义务人申报时，专项附加扣除由单位按月预扣，纳税人每月收入中提前享受部分扣除，预缴税款相对较少，年度汇算时补退税额通常有限。例如，月薪1万元的纳税人若每月通过单位申报子女教育、住房贷款利息等扣除，每月预缴个税已减少，年底汇算时可能仅产生少量退税甚至需退税。
综合所得年度自行申报则需纳税人在次年汇算时统一填报全部扣除项目。这种方式适合有多项收入来源如兼职收入、稿费、特许权使用费或未及时申报扣除的情况。例如，自由职业者全年收入分散，未按月享受专项附加扣除，汇算时一次性补充填报赡养老人、继续教育等扣除项目，可大幅减少应纳税额，从而产生较多退税。此外，大病医疗扣除仅限年度汇算时申报，若纳税人当年医疗支出超过1.5万元，选择自行申报能补充享受这项扣除，进一步增加退税金额。
两种方式的核心差异在于扣除项目是否整享受。若纳税人全年收入稳定、扣除项目简单且已通过单位及时申报，两种方式退税金额基本一致；若存在未足额扣除、多项收入或特殊扣除项目如大病医疗，自行申报更易实现充分扣除，退税金额往往更高。因此，退税多少的关键在于是否整填报扣除项目，而非申报方式本身，但综合所得年度自行申报的灵活性更有助于最大化扣除额度，从而可能获得更多退税。