昭通市的客运站体系由中心城区主要客运站和下辖县市、区客运站共同构成，形成覆盖城乡、连接省内外的交通网络。
中心城区作为交通枢纽，设有两个主要客运站。昭通汽车客运站是全市规模最大的综合性客运站，位于昭阳区北部新区，承担着省际、市际长途客运功能，日均发送旅客量居全市首位，线路覆盖四川、贵州、云南周边州市及省内主要城市。昭通客运中心站则地处老城区核心位置，以市内短途客运为主，主要发往昭阳周边乡镇及邻近县区，是市民日常出行的重要节点。
除中心城区外，下辖10个县市、区均设有县级客运站。其中，鲁甸县汽车客运站、镇雄县汽车客运站、彝良县客运站等规模较大，不仅服务本县居民出行，还承担着区域中转功能。例如，镇雄县作为人口大县，其客运站日均发送班次超过200班，线路辐射四川泸州、宜宾及云南昆明、曲靖等地。这些县级客运站普遍与中心城区形成联动，通过短途接驳与长途线路衔接，构建起全域覆盖的客运网络。
此外，部分重点乡镇还设有农村客运站，作为末端交通节点，方便乡镇居民前往县城或中心城区。这些站点虽规模较小，但在城乡客运一体化中发挥着重要作用，形成了“中心城区客运站—县级客运站—乡镇客运站”三级客运体系。
整体来看，昭通市的客运站布局既满足了跨区域长途出行需求，也保障了市内短途及农村地区的出行便利，通过不同层级站点的协同运作，构建起适应全市经济社会发展的客运服务网络。