NDS上使用SFC模拟器需要先准备相应的硬件和软件。首先确保NDS主机已安装支持自制程序的系统，比如通过Flashcard烧录卡运行自制软件。需从可靠来源下载适用于NDS的SFC模拟器，常见的有“snesDS”或“SNEmulDS”等，同时准备SFC游戏ROM文件，文件格式通常为.sfc或.smc。
接下来，将下载的模拟器文件和ROM文件通过读卡器传输到烧录卡的TF卡中。在TF卡根目录建立专门的文件夹，如“Emulators”存放模拟器，“ROMs/SFC”存放游戏文件，方便管理。将TF卡插回烧录卡，再将烧录卡插入NDS主机的游戏卡槽。
启动NDS主机，进入烧录卡菜单，找到存放模拟器的文件夹并运行模拟器程序。启动后，模拟器会自动扫描指定目录下的ROM文件，通过NDS的十键和A键选择想要运行的游戏。部分模拟器支持自定义按键映射，可在设置中调整NDS按键与SFC手柄按键的对应关系，例如将NDS的A键映射为SFC的A键，X键映射为SFC的Y键等。
进入游戏后，通过NDS的按键进行操作，十键方向，A、B键对应SFC的主要操作键，START和SELECT键用于暂停或打开菜单。部分模拟器支持即时存档和读档功能，通常通过组合键触发，如L+R+SELECT打开菜单选择存档，具体操作需参考模拟器说明。
游戏过程中若出现画面卡顿或音效问题，可尝试在模拟器设置中调整帧率或声音选项。部分模拟器支持屏幕显示模式切换，如全屏或原始比例显示，以适应NDS的屏幕尺寸。游戏后，通过模拟器菜单选择退出，返回NDS主界面或烧录卡菜单，避免直接断电导致数据丢失。
使用时需意ROM文件的合法性，仅使用个人备份的游戏ROM。同时，不同型号的NDS主机如NDS、NDS Lite、NDSi对模拟器的兼容性可能存在差异，选择经过测试的稳定版本模拟器，以获得较好的游戏体验。