武藤氏的由来可追溯至日本平安时代末期，其先祖为藤原氏支流。藤原氏乃古代日本显赫氏族，分支众多，武藤一族便是其中以武勇著称的支系。
平安时代中后期，藤原氏权势达到顶峰，家族成员多担任朝廷要职。随着地方势力崛起，部分藤原子弟离开京都，前往地方发展。其中一支迁至武藏国今东京都及埼玉县一带，因封地在武藏国，且族人以武略见长，遂以“武”字冠于“藤”姓之前，形成“武藤”氏。
武藤氏在镰仓幕府时期逐渐崭露头角。当时，武藤氏先祖武藤资赖追随源赖朝，参与建立镰仓幕府，因战功受封领地，成为重要的御家人。其后代在关东地区不断扩展势力，武藤氏遂成为关东地区的有力氏族。
室町时代，武藤氏分为诸多分支，分布于日本各地。其中部分族人在战国时期成为地方大名，参与群雄争霸。江户时代，武藤氏中的一些支系通过出仕幕府或与藩主联姻，保持了家族的地位。
武藤氏的形成与日本古代的氏族制度、军事分封密切相关，其发展轨迹折射出武家社会的兴衰历程。如今，武藤仍是日本常见姓氏之一，其族人遍布各地，延续着家族的历史脉络。