公元22世纪，人类文明迈入星际殖民时代，却遭遇来自异次元的神秘敌人“暗影联合体”的入侵。暗影联合体通过撕裂空间裂缝，投放机械生命体“侵蚀者”，意图掠夺地球的“源晶”能源。为对抗危机，全球联合政府秘密启动“3G计划”，从各地选拔出三名拥有特殊基因的年轻人，组成“新世纪高潮战队3G”。
队长凌云，曾是星际飞行员，因家人在侵蚀者袭击中丧生而加入战队，擅长高速战术与剑刃格斗，驾驶“雷霆号”机甲；队员陈薇，生物工程学天才，能析侵蚀者的机体结构，操控“脉冲号”机甲执行精准打击；队员马克，前特种部队成员，拥有超强体能与防御能力，驾驶“巨岩号”机甲承担正面攻坚。三人在AI指挥官“雅典娜”的协助下，依托“源晶”驱动的机甲，展开对暗影联合体的反击。
剧情初期，战队在城市废墟中与低阶侵蚀者周旋，逐步掌握机甲协同战术。随着战斗深入，他们发现暗影联合体的背后隐藏着更庞大的阴谋：其首领“暗影领主”试图通过源晶构建跨次元通道，将整个文明转化为机械奴隶。在一次潜入敌舰的任务中，凌云意外发现父亲曾参与源晶研究，并留下对抗暗影的关键数据——“星核计划”，而陈薇的导师竟是暗影联合体的双面间谍，这让战队陷入信任危机。
中期，战队遭遇暗影联合体的精英部队“暗刃小队”，马克在战斗中为保护平民重伤，机甲核心受损。凌云与陈薇必须在寻找修复材料的同时，破“星核计划”的密码。过程中，他们发现源晶不仅是能源，更是古代文明的遗物，暗影领主正是该文明的叛徒。最终，三人开基因锁，释放机甲的终极形态，合力发动“三位一体·星核冲击”，摧毁暗影领主的次元核心装置。
决战后，空间裂缝逐渐闭合，但暗影联合体的残部仍在宇宙深处潜伏。战队接到新的任务：前往火星殖民地防御残余侵蚀者，并调查古代文明灭亡的真相。在新的征程中，凌云等人意识到，真正的“高潮”并非终结敌人，而是人类在危机中永不放弃的希望与勇气。