双星物语2中除了宠物店购买的三只基础宠物外，其余宠物需通过探索、任务或特殊条件锁，具体获取方式如下：
在剧情推进至闪光森林时，调查地图东北部的废弃钟楼顶层，可发现发光鸟巢，互动后获得「闪光猫头鹰」，其技能可照亮黑暗区域。成湖畔镇钓鱼大赛后，与镇长对话可领取「水蓝色青蛙」，装备后能提升钓鱼成功率。
古代遗迹区域的隐藏房间内，破三个元素石碑谜题后，宝箱中会出现「幸运黑猫」，携带时可增加金钱掉落量。火山地带的熔岩洞窟深处，击碎红色晶体后出现「火焰蜥蜴」，需用冰属性攻击削弱其体力方可捕捉。
猫之森的村长家地下室，成「寻找失落的猫铃铛」支线任务，奖励「三色花斑猫」，拥有自动拾取道具的能力。通关天空迷宫后，在星之祠的祭坛处献上100个星碎片，可召唤「银色独角兽」，骑行时大幅提升移动速度。
矿山都市的地下矿区，使用炸弹炸开隐蔽矿道，击败里面的机械守卫后，宝箱中获得「钢铁守卫」宠物蛋，孵化后拥有高防御特性。当玩家料理等级达到5级时，与温泉乡的料理大师对话，获得「食材寻路犬」，可提示地图中隐藏食材位置。
击败月之宫殿的最终BOSS后，返回初始村庄的长老屋，调查书架上的古老卷轴，触发隐藏剧情，最终获得「星之妖精」，其技能可在战斗中自动恢复主角生命值。部分宠物还需满足特定条件，如全地图探索率达到80%时，自动锁「地图领航龟」，装备后可显示所有未探索区域。