深圳的火车站体系布局于城市不同区域，共同构成支撑城市交通与区域联动的重要枢纽，其主要站点及位置如下：
位于罗湖区的深圳站，是深圳最早建成的火车站之一，紧邻罗湖口岸，衔接广深铁路，主要承担普速列车及部分城际列车运行，是连接深圳与广州、东莞等地的传统铁路枢纽，也是早期深圳对外交通的核心节点。
深圳北站坐落于龙华区，是深圳规模最大的综合交通枢纽，作为广深港高铁、厦深铁路、深茂铁路等干线铁路的交汇点，每日开行大量高铁列车，通达全国20多个省市。站内整合地铁4号线、5号线及公交接驳系统，实现“高铁+地铁+公交”缝换乘，是粤港澳大湾区铁路网络的关键枢纽。
深圳东站位于龙岗区布吉街道，前身为布吉火车站，改造后定位为深圳东部地区的重要铁路客运站，主要运营京九铁路普速列车及广深城际列车，服务龙岗、龙华、罗湖东部等区域居民，缓深圳站的运输压力。
福田站地处福田区中心地带，是全国最大的地下高铁站，通过广深港高铁连接香港西九龙站，14分钟即可直达香港，同时衔接穗深城际铁路。站内与地铁1、2、3、4号线交汇，实现市中心与高铁网络的快速衔接，满足商务旅客及市民的高效出行需求。
光明城站位于光明区，是深莞城际铁路和赣深高铁的重要站点，主要服务光明科学城及周边区域，连接深圳与东莞、赣州等地，为沿线产业集群和居民提供便捷的城际与长途铁路出行选择。
坪山站坐落在坪山区，是厦深铁路的站，承担深圳东部往潮汕、厦门方向的高铁运输，同时衔接深汕合作区，助力东部沿海经济带的人员与物资流动。
宝安区的深圳机场站和深圳机场北站，分别位于深圳宝安国际机场航站楼及北站房附近，通过穗深城际铁路连接广州、东莞等地，实现“高铁+航空”联运，方便旅客快速换乘飞机，提升机场集疏运效率。
这些火车站覆盖深圳东西南北中各个区域，既满足日常通勤与城际出行需求，也承担着全国铁路网的客货中转功能，共同支撑深圳作为国家综合交通枢纽和粤港澳大湾区核心城市的交通运转。