深圳航空为旅客提供线上与机场相结合的多元化值机服务，满足不同出行场景的需求。
线上值机是便捷之选，旅客可通过深圳航空官方APP、微信小程序、官方网站及合作OTA平台办理。开放时间通常为航班计划起飞前48小时至起飞前45分钟部分特殊航线可能调整。操作时，输入订单号或身份证信息登录后，即可选择座位、确认行程，成后可保存电子登机牌至手机，或通过自助设备打印纸质登机牌。托运行李的旅客凭电子登机牌即可直接通过安检，大幅缩短机场等待时间。
机场值机则提供全面保障，涵盖传统柜台值机与自助值机设备。国内航班提前2小时到达机场，国际/地区航班提前3小时。传统柜台分布于各机场出发层，值机员可协助办理选座、行李托运、特殊服务申请如轮椅、成人陪伴儿童等，适合携带大件行李、需要特殊协助的旅客。自助值机设备通常位于出发大厅显眼位置，旅客刷身份证或护照后，按屏幕提示选择座位、打印登机牌，全程仅需1-2分钟，操作简便。部分机场还设有自助行李托运设备，线上值机旅客可在此成行李称重、贴签、托运，需再排长队。
论是追求效率的线上办理，还是需要人工协助的机场服务，深圳航空的双重值机方式均以旅客需求为核心，构建起灵活高效的出行体验。