四川农业大学分三个校区，分别是雅安校本部、成都校区成都市温江区和都江堰校区成都市都江堰市，各校区依托办学定位，设置了不同侧重的专业。
雅安校本部是学校历史最悠久的核心校区，以传统农业学科为基础，兼顾工科、理科专业。这里主要设有农学、植物保护、园艺、草业科学、农业资源与环境、林学、园林、水土保持与荒漠化防治、农业机械化及其自动化、农业电气自动化、动物科学、动物医学等专业，聚焦农业生产全链条的基础研究与应用技术培养。
位于成都温江区的成都校区是学校重点建设的综合性校区，专业覆盖农、理、工、经、管、文、法、医等多学科门类。其中包括生物科学、生物技术、生态学、环境科学与工程、植物保护部分方向、农业资源与环境部分方向、动物科学部分方向、动物医学部分方向、食品科学与工程、食品质量与安全、中药学、药学、工商管理、会计学、金融学、法学、汉语言文学、英语、市场营销、人力资源管理、旅游管理、工程造价、城乡规划、建筑学五年制、风景园林、土木工程、水利水电工程、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、数据科学与大数据技术、生物工程、制药工程等专业，侧重多学科交叉与服务区域发展的综合人才培养。
都江堰校区以应用型本科教育为特色，专业设置紧密对接地方产业需求，主要开设市场营销、人力资源管理、旅游管理、酒店管理、会展经济与管理、工程造价、土木工程、工程管理、城乡规划、建筑学五年制、风景园林、计算机科学与技术、电子商务、物流管理、财务管理、会计学、法学、汉语言文学、英语等专业，培养适应行业一线需要的应用型技术与管理人才。