除主体民族外，日本还存在数个具有独特文化和历史背景的少数民族。其中，阿伊努族是日本列岛最早的居民之一，主要分布在北海道地区。他们有着自己独特的语言、宗教信仰和传统生活方式，以渔猎、采集为生，其传统音乐、雕刻艺术和口头传说具有鲜明的民族特色。尽管阿伊努人口数量较少据统计约2.5万人，但近年来日本政府逐步推动对阿伊努文化的保护与传承，承认其为“原住民”。
另一个重要的少数民族群体是琉球族，主要分布在冲绳群岛及周边区域。琉球族有着悠久的历史和独特的文化传统，其语言、音乐、舞蹈如“琉球舞踊”和饮食文化与大和族存在差异。历史上，琉球曾是独立的琉球王国，19世纪后期被日本吞并，此后琉球族逐渐融入日本社会，但仍保留着自身的文化认同。
此外，日本社会中还存在少量外来民族群体，包括朝鲜族、汉族等，他们多为近现代移民或其后代，主要分布在东京、大阪等大城市。这些群体在保持自身文化传统的同时，也成为日本多元社会的一部分。
总体而言，日本的民族构成以大和族为绝对主体，同时包含阿伊努族、琉球族等少数民族及外来族群，共同构成了日本社会的民族图景。这种多元共存的格局，既体现了历史的延续性，也反映了现代社会的开放与包容。