医院设有多个重点临床科室，包括发育行为科、神经内科、内分泌科、康复科等，针对儿童自闭症、语言发育迟缓、脑瘫、癫痫、矮小症、性早熟等疾病开展精准诊疗。其中，发育行为科作为医院核心特色科室，汇聚了国内知名专家，采用“评估-干预-康复”一体化模式，为患儿提供个性化治疗方案。
在医疗团队建设方面，医院组建了一支由资深儿科专家、心理学专家、康复治疗师组成的多学科团队，部分专家来自三甲医院，拥有丰富的临床经验。团队重循证医学理念，定期与国内外顶尖医疗机构开展学术交流，确保诊疗技术与国际同步。
医院配备先进的诊断设备和治疗技术，如脑电图监测系统、神经调控技术、生长发育评估系统等，为疾病的精准诊断和有效治疗提供支持。同时，医院推行“以患儿为中心”的服务理念，营造温馨舒适的就医环境，设置儿童游乐区、心理疏导室等，缓患儿就医焦虑。
作为儿童健康公益事业的积极践行者，上海鸿慈儿童医院长期参与社会公益活动，开展儿童健康科普讲座、义诊筛查等，帮助家长树立科学育儿观念，为儿童健康成长保驾护航。医院始终坚持“专业、专、关爱”的宗旨，努力打造国内一流的儿童专科医疗品牌。