飞船抵达LV-223后，探险队进入地表一处巨型穹顶结构，发现内部布满圆柱形容器，容器中流淌着黑色粘稠液体。岩壁上的壁画描绘着工程师与类似异形生物的图案，而一个工程师遗骸倒在容器前，胸腔被撕裂。大卫暗中取走少量黑色液体，霍洛维因好奇喝下被大卫掺了液体的酒，当晚身体开始变异。肖博士进行检查时，发现自己竟在未与霍洛维发生关系的情况下怀上异形胚胎，紧急进入医疗舱自行剖腹取出异形胚胎，胚胎被隔离在医疗舱内生长。
与此同时，维兰德的女儿梅瑞狄斯·维克斯透露，维兰德本人也在飞船上，他的真实目的是找到工程师获取永生。探险队剩余成员在穹顶遭遇变异生物袭击，伤亡惨重。大卫激活工程师休眠舱，苏醒的工程师看到维兰德用机械装置表达永生诉求后，突然展现攻击性，拧断大卫头颅，徒手杀死维兰德及护卫。肖博士逃脱时警告飞船自毁，维克斯驾驶逃生艇试图离开，却被工程师驾驶的巨型飞船压死。
肖博士返回穹顶，发现被隔离的胚胎已成长为巨型章鱼状生物。工程师追赶而至，肖博士将其引入胚胎所在房间，章鱼状生物缠住工程师，寄生在其胸腔。肖博士找到大卫的残骸，在他指引下驾驶另一艘工程师飞船，驶向工程师母星，继续追寻文明起源的终极答案。影片，被寄生的工程师胸腔中破体而出一只带有工程师特征的异形生物，暗示恐怖的生命循环才刚刚开始。