从节目结构来看，90分钟的时长被划分为多个主题篇章。通常以“引入篇”开篇，通过短片或嘉宾讲述引入年度主题，耗时约10分钟；核心的“主题讲篇”是主体部分，往往包含2-3个核心故事或案例，每个案例搭配访谈、互动或实践展示，单篇章时长在20-25分钟；最后以“篇”收尾，通过寄语或集体活动升华主题，时长约15分钟。这种“10+20-25×2+15”的结构，让90分钟的内容既充实又不拖沓。
回顾历年节目，自2010年节目形式固定以来，除个别年份因特殊主题内容调整至100分钟外，90分钟始终是主流时长。例如2021年“理想照亮未来”主题、2022年“奋斗成就梦想”主题，均这一时长标准。即便是2020年加入防疫知识专项内容，也通过压缩其他环节保持总时长未突破95分钟，可见制作方对时长的精准把控。
值得意的是，播出时长会根据播放平台略有差异。电视端首播90分钟计时，从20:00开始，21:30左右；网络平台则可能因广告插播或回放需求，显示时长略有增加，但核心内容仍保持90分钟不变。这种差异也让观众能根据自身需求选择观看方式，确保核心内容损呈现。
整体而言，90分钟的时长设置，既避免了过短导致内容单薄，也防止过长引发意力分散，成为开学第一课保持影响力的重要基础。论是主题传递还是教育意义的实现，这一时长都恰到好处地平衡了内容与形式的关系。