十年后，李鹤龄侥幸逃出生天，却因容貌被毁、身份敏感，化名“金胡子”流落民间。他以游方郎中的身份行走江湖，凭借过人智谋和医术，悄悄调查当年冤案的线索。此时，偏远小镇“太平县”来了新县令刘福星张卫健分饰，此人表面纨绔不羁、游手好闲，实则聪慧机敏、心怀正义，因得罪权贵被调至此地。
金胡子与刘福星的相遇颇具戏剧性。刘福星上任后遇上棘手的“绣花鞋连环杀人案”：接连有年轻女子被杀害，尸体旁都放着一只红色绣花鞋，民间传言是“妖鞋索命”。金胡子暗中指点，刘福星抽丝剥茧，发现死者都与当地富商有关，最终揭露凶手利用绣花鞋制造恐慌，实则为掩盖商业仇杀。此案让两人惺惺相惜，金胡子决定协助刘福星，以“师爷”身份破更多悬案。
此后，二人联手揭开一系列奇案：“七彩蝴蝶案”中，官员以“蝴蝶仙子显灵”为幌子，实则用毒蝶谋害政敌；“鱼鳞案”里，渔民被诬陷偷运禁品，真相竟是盐商与贪官勾结垄断盐业；“纸人案”中，凶手利用纸人诅咒制造自杀假象，掩盖家族财产争夺……每个案件背后都牵扯官场腐败，金胡子凭借对人心的洞察和医学知识，总能找到关键证据，刘福星则以“糊涂官”形象麻痹对手，关键时刻雷霆出击。
随着案件推进，金胡子逐渐接近当年被诬陷的真相。原来，杨傲为夺取李鹤龄的未婚妻霓裳文颂娴饰，并独揽太医院大权，伪造证据陷害挚友。如今杨傲已是权倾朝野的东厂指挥使，势力滔天。金胡子与刘福星决定冒险上京，在朝堂之上与杨傲对质。他们收集到杨傲多年来贪赃枉法、草菅人命的罪证，最终在皇帝面前揭露其真面目。杨傲狗急跳墙欲刺杀皇帝，被金胡子与刘福星合力制服，十年冤案终得昭雪。
结局中，李鹤龄恢复身份，却拒绝重返官场，选择与霓裳归隐山林。刘福星则因破案有功，被调回京城任要职，继续为民伸冤。全剧以“十大奇冤”为线索，串联起官场斗争与民间疾苦，展现了正义虽迟但到的信念，也刻画了小人物在黑暗中坚守良知的力量。