然而结局的关键转折在于最后三分钟的“监狱彩蛋”。当观众以为剧情尘埃落定时，镜头突然切到监狱场景：一个酷似Laughing哥的人影出现在囚服队伍中，神秘人物递给他信封并低语“你想清楚了？”。这一画面推翻了此前的死亡结局，暗示Laughing的死亡可能是警方高层策划的假死，目的是让他以新身份继续执行秘密任务。
这种双重结局的设计，既满足了传统警匪剧对正义战胜邪恶的价值传递，又为角色留下了延续空间。Laughing哥墓碑上“英勇殉职”的碑文与监狱场景形成强烈反差，引发观众对“卧底身份是否永恒”的深层思考。监制庄伟建在采访中曾透露，彩蛋的用意是“保留角色的限可能”，这也为后续电影版《潜行狙击》埋下伏笔。
全剧以“潜行”为核心，结局同样践行了这一主题——真正的卧底永远在明暗交界处潜行，即使镜头，任务仍在继续。这种处理方式让《潜行狙击》的结局突破了简单的生死二元论，成为港剧史上最具争议性的收尾之一。