鹅城由黄四郎一手掌控，他凭借碉楼和武装势力横行乡里，百姓敢怒不敢言。张牧之上任首日，黄四郎便设下鸿门宴，企图给新县长一个下马威。席间，双方言语交锋暗藏杀机，黄四郎甩出礼盒“三步一岗五步一哨”，张牧之则以“站着挣钱”回应，初次交锋便显露锋芒，也让黄四郎意识到这个“县长”绝非等闲之辈。
为打破黄四郎的垄断，张牧之开始行动：他以“剿匪”名义向黄四郎索要赎金，却将赎金全部分给百姓；又以“公平”为旗号，把黄四郎囤积的粮食和枪支发给穷人。发钱时百姓不敢接，他便让兄弟们把钱扔到街上；发枪时百姓仍犹豫，他便朝天开枪震慑，最终点燃了民众反抗的火苗。黄四郎见状反扑，派人假扮麻匪杀害百姓，试图嫁祸张牧之，却被张牧之识破——他让兄弟们穿上百姓衣服“剿匪”，当众揭穿黄四郎的阴谋，民心彻底倒向“县长”。
决战前夕，张牧之与黄四郎玩起“真假游戏”：黄四郎放出自己的替身，想让张牧之误杀替身以动摇民心；张牧之则将计就计，在万民面前斩首替身，让百姓误以为“黄四郎已死”，彻底瓦了碉楼守军的心理防线。最终，张牧之率领百姓围攻黄四郎的碉楼，黄四郎眼看大势已去，引爆碉楼自焚一说隐退，鹅城迎来“没有黄四郎”的新生。
影片，张牧之的兄弟们选择离开，前往上海“花天酒地”，而他独自留在鹅城，望着远去的火车，身后是觉醒的百姓，身前是未竟的道路。这场关于权力、公平与民心的斗争，以“子弹飞过”的隐喻，留下了对时代与人性的深刻回响。