岳飞死后，秦桧彻底巩固了在南宋朝廷的权力。他以“中兴之功”自居，被宋高宗加封为太师、魏国公，权势达到顶峰。此后十余年间，秦桧独揽朝政，排除异己，凡反对议和、为岳飞鸣冤者均遭贬斥，朝堂之上人敢言其过。他还通过篡改史书、压制舆论，试图掩盖构陷岳飞的真相，将自己塑造成“社稷之臣”。
不过，专权的同时，秦桧的身体也逐渐垮掉。史载他晚年“病笃”，长期卧病在床。绍兴二十五年1155年10月22日，秦桧在临安今杭州家中病死，终年66岁。消息传至宫中，宋高宗不仅亲临祭奠，还追赠他为申王，谥号“忠献”，极尽哀荣。
秦桧死后，宋高宗仍对其“功绩”念念不忘，甚至命人撰写《秦桧神道碑》，称颂其“再造王室，安固邦本”。直到宋孝宗即位后，为岳飞平反昭雪，秦桧的罪行才逐渐被揭露。宋宁宗开禧二年1206年，朝廷正式追夺秦桧的王爵，改谥号为“谬丑”，意为“荒谬丑恶”。此后，秦桧的形象彻底钉在了历史的耻辱柱上，杭州西湖岳飞墓前的秦桧跪像，更成为其永久的历史印记。