该校区位于吉林市昌邑区九站经济技术开发区，地处城市近郊，毗邻吉林经济技术开发区核心区域。校区周边交通便利，公共交通网络覆盖密集，可通过多条公交线路直达市区：
左家校区坐落于吉林市昌邑区左家镇，地处长白山余脉向松辽平原过渡地带，是学院农林类专业实践教学基地。校区周边森林覆盖率高，生态环境优良，拥有大面积的教学实习林场和农业试验田，为植物保护、农学、动物科学等专业提供了天然的实践场所。
交通方式：左家镇距离吉林市区约45公里，可在吉林市客运总站乘坐“吉林—左家”专线客车每日多个班次，在左家镇客运站下车后，步行10分钟即可到达校区；也可自驾经珲乌高速G12左家出口，沿学府路直行约2公里到达。校区内设有教学区、实验区、生活区和实习基地，功能分区明确，满足农林专业教学与科研需求。
两校区均位于吉林省吉林市昌邑区，九站校区侧重综合教学与行政办公，左家校区专农林实践教学，共同构成了吉林农业科技学院“一校两区、协同发展”的办学格局。