从学校整体实力来看，南通大学拥有9个一级学科博士点、27个一级学科硕士点，入选江苏省高水平大学建设培育高校。在教育部第四轮学科评估中，基础医学、临床医学、信息与通信工程等学科获得B类评级，学科实力已达到国内一本院校水平。
在招生录取方面，南通大学在江苏省内大部分专业已纳入第一批次招生，其中临床医学、师范类等优势专业录取分数线常年位居全省前列。在北京、上海、广东等省份，学校所有专业均按一本批次招生；而在部分中西部省份，部分专业仍在第二批次录取。这种“批次差异”是高校在不同地区招生策略的正常体现。
需要意的是，随着高考改革推进，多省份已取消传统一本、二本批次划分，统一合并为本科批次录取。南通大学在这些省份的录取分数线普遍高于本科线100分以上，实际录取层次与传统一本院校相当。
判断一所大学的办学层次，更应关其学科建设、科研实力和就业质量。南通大学作为拥有百年办学历史的综合性大学，现有全日制本科生近4万人，研究生5000余人，毕业生就业率连续多年保持在98%以上，用人单位满意度位居江苏省属高校前列。