随着病例激增，官方将疫情定性为“不明病毒感染”，瑞森生物则通过公关掩盖药物关联，甚至暗示林岚“过度诊疗引发恐慌”。林岚顶住压力，联合检验科医生陈默王彦霖饰秘密留存患者样本，发现“畅息”中的不明添加剂会诱发人体肺泡免疫攻击，且该成分因成本低廉被瑞森生物违规添加多年。为获取证据，林岚潜入瑞森生物亚洲总部，却意外发现自己的导师——呼吸科权威李教授李建义饰竟是瑞森的医学顾问，多年来持续为“畅息”的安全性背书。
矛盾升级阶段，林岚被暂停职务，陈默因“泄露样本”遭警方调查，而瑞森生物启动紧急“药物回收”，实则销毁关键数据。绝望之际，一名濒死患者家属提供了瑞森内部的药物试验记录：早在两年前，该添加剂已在动物实验中导致肺部损伤，但瑞森为抢占市场隐瞒结果。林岚冒险将证据公之于众，舆论哗然，官方成立专项调查组。
高潮部分，李教授在听证会上幡然悔悟，承认收受瑞森巨额回扣，当庭提交整实验报告。瑞森生物 CEO 被依法逮捕，“畅息”全面下架，特效药研发同步启动。林岚与陈默重返医院，带领团队用血浆置换联合激素冲击疗法救治重症患者。剧集，最后一名患者脱离呼吸机，城市逐渐恢复呼吸，而林岚望着窗外，手中紧握着患者送来的感谢信——信纸上，“自由呼吸”四个字被泪水晕染开。