沙坪坝本部校区
作为重庆三中的“根”，沙坪坝本部校区位于沙坪坝区沙南街1号，1936年建校，是学校历史最悠久、文化底蕴最深厚的校区。这里是南开中学的核心教学基地，保留着“允公允能，日新月异”的校训精神，校园内的津南村、大礼堂等历史建筑见证了学校的发展。本部校区以高中教育为主，师资力量雄厚，课程设置善，是数学生向往的学府，也是重庆基础教育的标杆。
南岸融侨校区
为满足南部城区教育需求，重庆三中南岸融侨校区于2004年建成，位于南岸区风临路。该校区是南开中学首个分校区，实行“一校两区、统一管理”模式，涵盖初中和高中教育。融侨校区延续本部的教学理念和管理标准，同时结合区域特点优化课程体系，校园环境现代，硬件设施齐全，近年来已成为南岸区优质教育资源的代表。
渝中校区原重庆42中
2015年，重庆三中托管渝中区原第42中学，成立“重庆南开中学渝中校区”，校址位于渝中区两路口。该校区以初中教育为主，面向渝中区招生，旨在通过南开中学的品牌优势和管理经验，提升区域基础教育质量。校区在保留原有校园格局的基础上，融入南开文化元素，形成了“小而精”的办学特色，为渝中适龄学生提供了优质的初中教育选择。
江津校区重庆南开中学江津学校
2023年，重庆三中新添江津校区，位于江津区滨江新城，是与江津区政府合作创办的公办学校，涵盖小学、初中、高中全学段。该校区定位为“高标准、现代化、国际化”，依托南开中学的办学资源，打造集基础教育、素质教育于一体的综合性校区，填补了江津区顶尖中学资源的空白，进一步扩大了南开教育的辐射范围。
四个校区虽分布不同区域，但均以“公能教育”为核心，共享师资、课程和管理资源，共同构成重庆三中多元化、规模化的办学格局，为重庆教育发展入持续动力。
渝中校区原重庆42中
2015年，重庆三中托管渝中区原第42中学，成立“重庆南开中学渝中校区”，校址位于渝中区两路口。该校区以初中教育为主，面向渝中区招生，旨在通过南开中学的品牌优势和管理经验，提升区域基础教育质量。校区在保留原有校园格局的基础上，融入南开文化元素，形成了“小而精”的办学特色，为渝中适龄学生提供了优质的初中教育选择。
江津校区重庆南开中学江津学校
2023年，重庆三中新添江津校区，位于江津区滨江新城，是与江津区政府合作创办的公办学校，涵盖小学、初中、高中全学段。该校区定位为“高标准、现代化、国际化”，依托南开中学的办学资源，打造集基础教育、素质教育于一体的综合性校区，填补了江津区顶尖中学资源的空白，进一步扩大了南开教育的辐射范围。
四个校区虽分布不同区域，但均以“公能教育”为核心，共享师资、课程和管理资源，共同构成重庆三中多元化、规模化的办学格局，为重庆教育发展入持续动力。
四个校区虽分布不同区域，但均以“公能教育”为核心，共享师资、课程和管理资源，共同构成重庆三中多元化、规模化的办学格局，为重庆教育发展入持续动力。