漫画版《未来日记》由えすのサカエ创作，2006年3月起在《月刊少年Ace》连载，历时5年半，于2011年12月正式结。全作共12卷单行本，收录了从“Deus流克的游戏启动”到“最终时空的抉择”的整剧情线。与动画相比，漫画的叙事节奏更细腻，伏笔回收更彻底：从“三周目由乃的记忆碎片”到“Deus流克的真实目的”，每个角色的动机与结局都在漫画中得到明确交代，尤其是雪辉在“二周目”与“三周目”的交替选择，构成了逻辑闭环的终局。
值得意的是，动画虽改编自漫画，但在结局处理上存在一定原创性——动画最终话以“雪辉成为新的时空之神，与由乃在崩坏的时空中相拥”收尾，带有强烈的浪漫化色彩；而漫画的结局更重“救赎与新生”：三周目的雪辉与舍弃记忆的由乃在日常中重逢，没有未来日记的束缚，两人以普通人的身份重新开始，呼应了“摆脱命运诅咒”的核心主题。这种差异让漫画的结局更具现实感，也为整个故事画上了更具说服力的句号。
自2011年结至今，《未来日记》漫画未推出任何续篇或新篇连载，作者えすのサカエ后续也转向《至高指令》等新作创作。因此，论是主线剧情还是角色故事，漫画都已成全部叙事，不存在“未结”的悬念。
综上，《未来日记》的动画与漫画均已正式：动画以26集定格了充满张力的轮回叙事，而漫画则用12卷单行本构建了整且自洽的故事闭环。对仍在追寻结局的观众而言，漫画不仅是动画的补充，更是理整个世界观的最终答案。