从原子层面看，玻璃主要由二氧化硅等物质构成，其原子排列呈现非晶体结构。与晶体中原子规则排列不同，玻璃内部原子固定周期性，这种序结构减少了光在传播过程中的散射概率。当光线进入玻璃时，不会因晶格缺陷或晶界反射而显著衰减，大部分能量能直接通过。
更关键的原因在于电子能级的分布。玻璃中的电子被束缚在原子或分子内，其禁带宽度大于可见光的能量。可见光的波长范围在400-700纳米，对应的能量不足以激发玻璃中的电子从低能级跃迁到高能级。因此，光子不会被吸收，而是以透射形式穿过材料。相比之下，金属因存在自由电子，会吸收并反射可见光，因此呈现不透明状态。
此外，玻璃的均匀性也对透明度至关重要。生产过程中通过控制温度和冷却速度，避免气泡、杂质等缺陷的产生，确保光线在传播时不会因结构不均发生散射。即使厚度增加，优质玻璃仍能保持较高透明度，这与材料内部极低的光吸收系数密切相关。
不同类型的玻璃透明度存在差异，例如加入铁离子的玻璃会呈现绿色，这是由于特定波长的光被选择性吸收。但普通钠钙玻璃对可见光的吸收极低，使得我们能清晰看到另一侧的物体。这种特性让玻璃成为现代建筑、光学仪器等领域不可或缺的材料。
光线穿过玻璃的过程，本质上是光子在原子间隙中“穿行”的过程。由于玻璃既不大量吸收可见光，也不显著散射光线，最终形成了我们观察到的透明效果。这一现象是微观结构与宏观性质相互作用的典型范例。