首个单元“挖心迷局”聚焦钱塘镇连发的离奇命案——多名富商深夜被挖心而亡，百姓恐慌称“妖心现世”。济公携广亮林子聪饰、必清叶祖新饰介入调查，发现死者均与十年前一桩贪墨赈灾款的旧案相关。线索指向隐居山林的“赤练仙子”，她本是当年冤案中受害者的女儿，修炼邪术欲向仇人复仇。济公洞悉其执念，以“善恶有报，冤冤相报何时了”点化，最终赤练仙子放下屠刀，仇人也因罪证确凿被官府绳之以法。
紧接着的“真假济公”单元更添悬念。一名自称“济公”的僧人在临安城招摇撞骗，以“开光法器”骗取百姓钱财，甚至与地方恶势力勾结。真济公现身对峙，却因对方精通幻术，百姓难辨真伪。关键时刻，济公以“酒肉穿肠过，佛祖心中留”的本心，引天雷破幻术，揭穿假僧乃是“白骨精”所化。假济公被收服后，济公借机告诫众人：“信佛在心，不在形骸”，点醒盲目迷信的百姓。
剧中最温情的单元“狐妖报恩”则讲述了修行千年的狐妖青月穆婷婷饰，为报答书生张生前世救命之恩，化为人形守护其科举之路。张生却因被奸人陷害入狱，青月欲以妖力劫狱，济公及时阻止：“报恩需循正道，执念反成业障”。最终，济公助青月收集奸人罪证，张生沉冤得雪，青月也因功德圆满位列仙班。此单元打破“妖必恶”的刻板印象，展现“妖亦有善，善念终得善果”的主题。
《活佛济公4》在延续前作轻松诙谐风格的同时，深化了对“因果”“慈悲”的诠释。济公的每一次出手，既是降妖伏魔，更是对世人贪嗔痴的警醒，以喜剧外壳包裹着劝人向善的内核，让观众在欢笑中感悟人间正道。