失去CTU支援的杰克，被临时吸纳进FBI反恐小组，与务实强硬的探员蕾妮·沃克Renee Walker组成临时搭档。两人从袭击现场的蛛丝马迹出发，很快锁定了一个名为“第3号指令”的神秘组织。然而，当调查指向组织核心时，一个让杰克难以置信的名字浮出水面——托尼·阿尔梅达Tony Almeida。
这位曾与杰克出生入死的挚友，早在第5季就被确认死亡。如今他不仅“死而复生”，更以恐怖组织骨干的身份出现：策划爆炸、杀害联邦探员、甚至亲手将杰克逼入险境。托尼的叛变成为第7季最大谜团，观众与杰克一同陷入“昔日兄弟为何反目”的困惑中。
随着剧情推进，生物武器的真容曝光——Prion Variant 3病毒，一种通过空气和水源传播的致命病原体。恐怖分子计划将病毒入华盛顿供水系统，而幕后操纵者竟是跨国犯罪集团头目艾伦·威尔逊Alan Wilson。更惊人的是，托尼的“叛变”实为精心伪装：他的家人曾因威尔逊的阴谋惨遭灭口，此次潜入组织只为复仇。当杰克识破真相时，两人已被FBI和恐怖分子同时追杀，被迫在枪口下联手。
第7季的高潮在病毒实验室展开：杰克徒手拆病毒装置，托尼则与威尔逊的武装势力火并。最终，病毒扩散被阻止，但托尼为抓捕威尔逊暴露身份，被FBI当场逮捕。杰克站在实验室废墟中，看着被押走的挚友，反恐胜利的代价再次沉重显现——威尔逊逃脱，而托尼将面临终身监禁。
从国会听证到病毒危机，从老友背叛到联手复仇，《24小时》第7季用24小时的极限叙事，将杰克·鲍尔的挣扎与救赎推向新高度。当时间归零，危机除，但反恐的阴影从未散去，留给观众的，是对正义与代价的尽思考。