首先是mer，它是“monomer”单体的缩写，属于核酸长度的通用型单位。mer的核心是“基本重复单元”，在单链核酸中，1个mer对应1个核苷酸残基；在双链核酸中，1个mer可对应1对互补的碱基对。这种宽泛性让mer常被用于描述短核酸片段，比如“20-mer寡核苷酸”，既可以指20个核苷酸组成的单链，也可指20对碱基组成的双链，具体需结合上下文判断。
其次是nt，它是“nucleotide”的缩写，是单链核酸的专属长度单位。论是RNA单链还是旋后的DNA单链，其长度都以nt计量。例如某tRNA分子长度为76nt，即表示该单链包含76个独立的核苷酸；某病毒单链RNA基因组为10kb1kb=1000nt，也需用nt的衍生单位描述。nt的定义严格限定于单链结构，不涉及碱基之间的互补配对关系。
最后是bp，它是“base pair”的缩写，仅适用于双链核酸的长度计量。双链DNA中，A与T、G与C通过氢键形成互补碱基对，1个bp就代表这样一对互补核苷酸。比如人类基因组约含30亿bp，指的是双链DNA的总碱基对数量；某质粒DNA的长度为5000bp，也明确其为双链闭环结构。需要意的是，单链核酸不能用bp描述，否则会造成结构认知的混乱。
三者的核心区别可归纳为两点：一是适用结构不同，nt针对单链，bp针对双链，mer则覆盖单双链；二是定义精度不同，nt和bp是精准的结构专属单位，mer是更宽泛的通用表述。例如一条100nt的单链DNA若与互补链结合形成双链，其长度可转换为100bp，但100-mer既可以是100nt单链，也可以是100bp双链。
明确mer、nt与bp的差异，是核酸研究中数据记录、结果表述的基础，能有效避免因术语混淆导致的学术误差。