前神罗战士克劳德成为了独行的快递员，驾驶着“芬里尔”摩托穿梭于废墟与新生的城市间。他背负着过去的创伤，对星痕症候群的力感让他刻意疏远伙伴，独自承受内心的挣扎。与此同时，三个神秘少年——卡丹裘、亚兹、罗兹突然出现，他们自称“萨菲罗斯的遗孤”，目标是寻找散落在世界各处的“杰诺瓦首级”，试图复活被克劳德击败的萨菲罗斯。
卡丹裘等人在米德加废墟发动袭击，不仅夺走了存放杰诺瓦细胞的容器，还掳走了星痕症候群患者丹泽尔。克劳德为夺回丹泽尔与三人展开激战，却因自身的星痕发作陷入劣势。危急时刻，昔日伙伴蒂法、巴雷特、尤菲、文森特相继赶到，众人合力击退了卡丹裘，但杰诺瓦首级已被夺走。
随着卡丹裘的行动升级，星痕症候群患者数量激增，世界面临新的危机。克劳德在与伙伴的重逢中逐渐卸下防备，正视自己的过去。他意识到，击败萨菲罗斯的执念曾让他忽视了身边的人，而如今守护伙伴与治愈星痕才是真正的使命。
最终决战在遗忘之都展开，卡丹裘成功融合杰诺瓦首级，萨菲罗斯以更强大的姿态复活。克劳德在伙伴们的掩护下，与萨菲罗斯展开宿命对决。凭借“超究武神霸斩”的全力一击，克劳德彻底斩断了萨菲罗斯的存在，杰诺瓦的威胁消散。
随着萨菲罗斯的消失，星痕症候群患者体内的杰诺瓦细胞失去活性，丹泽尔等孩子逐渐康复。克劳德在废墟中找到了释怀，与蒂法、丹泽尔、玛莲一同回到了“第七天堂”酒吧，昔日的孤独战士终于融入温暖的群体，世界在希望中迎来新生。