对战开启：第383集《爆发！仙人模式》
佩恩六道入侵木叶，凭借“神罗天征”“万象天引”等忍术将村子夷为平地，数忍者牺牲，五代目火影纲手陷入昏迷。动画第383集，鸣人妙木山仙人模式修炼归来，在蛤蟆文太、蛤蟆健、蛤蟆广的协助下登场。此时的鸣人首次展现全仙人模式，瞳孔变为竖立的蛙眼，身体围绕仙术查克拉，一出手便瞬秒佩恩畜生道，宣告“预言之子”正式参战。巅峰对决：第386-387集《佩恩vs鸣人》
这两集是对战的核心高潮。天道佩恩在失去畜生道、修罗道等同伴后，与鸣人展开正面硬刚。鸣人利用仙术查克拉的感知能力，破天道的“神罗天征”冷却时间，以“螺旋手里剑”连续重创天道。而天道则放出终极大招“地爆天星”，试图将鸣人困在引力核心——这一忍术曾封印九尾，视觉冲击力震撼，成为火影动画经典名场面。最终鸣人爆发九尾查克拉，在第八尾即将出现时被父亲波风水门的查克拉阻止，随后凭借智慧与仙术，反向锁定天道位置，一拳打碎天道傀儡。真相揭晓：第392集《相逢》
摧毁天道后，鸣人的仙术时效，却通过佩恩尸体上的黑棒，感知到幕后操纵者的位置。动画第392集，鸣人潜入雨隐村，在一间密室中见到佩恩的本体——长门。此时剧情揭露佩恩六道的真相：六具尸体均为长门用轮回眼操控的傀儡，而长门曾是自来也的弟子，因弥彦之死走向极端，试图用“ pain”痛苦让世界理和平。终局与救赎：第394集《漩涡鸣人物语》
鸣人没有杀死长门，而是以“我是木叶忍者”的信念，讲述自己与自来也的约定，用“嘴遁”说服长门。最终长门选择相信鸣人，以“外道·轮回天生之术”复活所有在佩恩入侵中牺牲的木叶忍者，自己则耗尽生命离世。这一集标志着对战的彻底，也让鸣人成为拯救木叶的英雄，为其后来成为火影埋下伏笔。综上，动画中鸣人VS佩恩的整剧情从第383集仙人模式登场，到第394集长门救赎终结，共12集的篇幅，浓缩了战斗的热血、角色的成长与忍者世界的深刻命题，至今仍是火影迷心中不可替代的经典篇章。