故事背景设定在三国烽火持续的年代，仙界"妖仙"势力突然降临，通过操控"仙石"扭曲时空，导致历史名将与神话生物共同出现在同一战场。玩家将扮演三国武将组成讨伐军，在"时空裂隙" 中对抗吕布、董卓等被妖仙力量强化的"魔王"，同时还要迎战"应龙"、"饕餮"等巨大妖兽。剧情主线围绕"仙石争夺战"展开，魏蜀吴三方势力在对抗妖仙的过程中形成短暂同盟，却又因各自的野心暗藏博弈。
游戏核心玩法突破传统双的"一骑当千"模式，转向四人联机共斗机制。玩家可自定义武将的"秘武"系统，通过切换武器组合实现多样化连招，并能释放"真·双觉醒"进入短暂的敌状态。战场设计加入空中战斗系统，玩家可借助"空中冲刺"在高低地形间自由移动，与巨型BOSS展开立体攻防战。
不同于正传的历史叙事，MR系列更重奇幻设定的拓展：武将可装备"仙玉"获得元素属性加成，通过"共鸣系统"与队友触发合体技能。剧情关卡采用"任务制"结构，玩家需在限定时间内成破坏仙石、守护据点等目标，部分隐藏关卡还会锁"妖仙吕布"等隐藏BOSS。
整体而言，《真三国双MR》以"幻想三国共斗" 为核心，通过架空历史设定与合作战斗机制，为玩家呈现了一个既熟悉又充满新鲜感的双世界。其故事内核始终围绕"英雄联合对抗异世界威胁"展开，在保留系列爽快感的同时，增添了策略性与团队协作的乐趣。