学校秉承"[红色]育人为本、全面发展"的办学理念，构建了"基础课程+特色课程+实践课程"的三维课程体系。近年来中考成绩稳居市区前列，连续多年获评[红色]南通市教育教学先进单位，是江苏省示范初中、全国青少年校园足球特色学校。校内设有各类功能教室42间，包括数字化实验室、创客空间、心理咨询室等现代化教学设施，满足多样化教学需求。
在师资建设方面，南通三中形成了一支以中青年教师为主体的专业团队。现有教职工168人，其中[绿色]高级教师56人，市级以上骨干教师28人，先后有12名教师在省级教学竞赛中获奖。学校重教师专业发展，建立"青蓝工程"师徒结对机制，每年投入超50万元用于教师培训和教研活动。
校园文化建设呈现鲜明特色，通过"科技节""艺术节""体育节"等品牌活动，培养学生综合素质。校篮球队、合唱团连续五年在市级比赛中夺冠，机器人社团多次代表南通参加省级赛事。近年来，学校深化集团化办学改革，与通师一附、城西小学等建立教育联盟，推动义务教育阶段资源共享。
作为南通基础教育的重要组成部分，南通三中始终致力于为区域培养德智体美劳全面发展的优秀毕业生，是家长和学生信赖的优质初中。