鱼人岛篇始于第523集“鱼人岛的冒险！登陆红土大陆”，草帽一伙在经历两年修炼后，首次以全新阵容踏入新世界前的关键地点——位于海底10000米的鱼人岛。岛上围绕“鱼人族与人类的和”展开的冲突，最终演变为以霍迪·琼斯为首的新鱼人空手道道场与草帽一伙的全面大战。霍迪因对人类的极端仇恨，企图通过暴力统治鱼人岛并挑起与人类的战争，而路飞为守护鱼人岛居民的和平与梦想，率领伙伴与之展开激战。
大战的高潮集中在第554集至第556集，路飞与霍迪的最终对决堪称经典。霍迪服用大量凶药后实力暴涨，却始终法突破路飞“四档”力量的压制。在第556集“路飞全力的一击！橡胶巨人雷斧爆发”中，路飞以“橡胶巨人雷斧”重创霍迪，彻底瓦了对方的野心。但此时的“”并非鱼人岛篇的真正收尾，后续几集围绕战后的余波展开：鱼人岛居民对人类的态度逐渐转变，龙宫国王尼普顿正式向路飞道谢，草帽一伙也在岛上补充物资、修复船只，为前往新世界做最后的准备。
直到第560集“海底两万里！向着新世界进发！”，草帽一伙乘坐桑尼号，通过镀膜技术穿越红土大陆下方的“鱼人岛出口”，正式告别鱼人岛。随着桑尼号冲破海面，阳光洒在伙伴们的脸上，鱼人岛篇的所有故事线在此画上句号。这一集不仅是大战的标志，更是草帽一伙踏入新世界的起点，具有承上启下的重要意义。
从霍迪的败北到全员启航，鱼人岛大战的并非单一战斗的终结，而是一场关于“理与和”的冒险的落幕。第560集的，路飞望着新世界的方向喊出“我们走”，既回应了鱼人岛居民的期待，也预示着更激烈的挑战即将到来。这一集，便是《海贼王》鱼人岛大战最终的动画定格。