学校专科专业设置紧密结合区域经济发展需求，涵盖财经、工科、医学、人文、艺术等多个领域。其中，财经类专科专业如财务管理、会计电算化，依托学校经济管理学院的师资与教学资源，重实践技能培养；工科类专业包括机械制造与自动化、工程造价、计算机应用技术等，结合实训基地开展项目式教学；医学类专科有护理、药学、康复治疗技术，与多家三甲医院合作建立实习基地；人文艺术类专业如学前教育、语文教育、艺术设计，理论与实践融合。
专科教学以实践教学为核心，通过实验室实操、企业见习、技能竞赛等环节提升学生专业能力。学校拥有省级实验教学示范中心、虚拟仿真实验中心等教学平台，部分专科专业与行业企业共建校企合作基地，推行“订单式”培养，确保学生所学与岗位需求匹配。
在升学与就业方面，专科学生可通过“专升本”考试进入本科阶段学习，学校每年均有一定比例的专科生通过考试升入本校或其他本科院校；直接就业的学生主要分布在制造业、服务业、教育、医疗等领域，部分专业就业率连续多年保持较高水平。
综上，九江学院专科教育立足应用型人才培养，专业设置多元，教学重实践，为学生提供升学与就业的双通道发展路径。