《序》以“重述”为核心，在保留TV版前期主线的基础上，简化冗余支线，强化渚薰登场的悬念感。作为系列开篇，它快速建立世界观：第三次冲击后的东京、EVA机体的战斗使命，以及碇真嗣与碇源堂的父子矛盾，为后续剧情铺垫基础。
《破》在延续主线的同时埋下颠覆性伏笔。明日香、真希波的登场丰富角色关系，而“Mark.06”的突然降临与渚薰“这一次一定要让你幸福”的台词，打破“复刻旧版”的预期，暗示新剧场版将走向独立结局。其中真嗣为救凌波丽引发的“第三次冲击”，成为剧情转折点。
《Q》通过时间跳跃重构叙事框架。故事直接跳转至“冲击”发生14年后，真嗣从沉睡中苏醒，面对已面目全非的世界：NERV分裂、WILLE组织成立、昔日同伴成为敌人。渚薰的真实身份与“第十四使徒”的设定，进一步揭开SEELE的终极计划，将观众带入更复杂的谜团。
《终》作为系列结篇，聚焦“补计划”的最终对决。真嗣在碇唯的引导下直面内心创伤，开父子、同伴与自我的枷锁。影片通过“真嗣的世界”与现实的交织，成对角色弧光的收束，也为新剧场版系列画上句点。
需要意的是，部分观众误将《破》中的“序章：你是not唯一”或《Q》的“片段”视为独立作品，实则这些均为正片的补充内容，需调整主观看顺序。唯有按“序→破→Q→终”的流程推进，才能整捕捉新剧场版从“构”到“重构”的叙事美学，理庵野秀明对“人类补”主题的全新诠释。