事业单位住房公积金的缴纳比例需结合国家规定与地方政策综合确定。根据《住房公积金管理条例》，单位和职工住房公积金缴存比例均不得低于5%，不得高于12%。这一区间是全国统一的政策框架，但具体执行比例由各地住房公积金管理中心根据实际情况调整，事业单位需在政策范围内自主确定缴存比例。
从实际情况看，事业单位的缴存比例通常在8%至12%之间。全额拨款类事业单位由于经费由财政保障，缴存比例多按地方规定的上限或较高标准执行，如部分地区统一设定为12%；差额拨款或自收自支类事业单位则可能根据单位收支状况在政策区间内选择，部分单位为吸引人才会以10%—12%的比例缴存。
缴存基数以职工上一年度月平均工资为计算标准，包括基本工资、绩效工资、津贴补贴等，但不得超过当地统计部门公布的上一年度职工月平均工资的3倍。若职工工资收入超过基数上限，超出部分不计入缴存基数；若低于下限，则按当地规定的最低基数缴存。
此外，部分地区对事业单位有特殊政策。例如，某些省份允许财政状况较好的事业单位在12%的基础上为职工缴存补充公积金，补充比例一般不超过8%，但需经住房公积金管理中心审批。补充公积金与基本公积金合并计入个人账户，归职工个人所有。
单位与职工的缴存比例通常保持一致，即单位缴存部分和个人缴存部分按相同比例计算。例如，某事业单位确定缴存比例为10%，职工月工资基数为8000元，则单位每月缴存800元，个人缴存800元，合计1600元存入职工公积金账户。
总体而言，事业单位住房公积金缴纳比例的核心是“国家规定区间+地方政策调整+单位实际情况”，职工可通过单位财务部门或当地公积金管理中心查询具体缴存比例和基数。