贝加尔湖在历史上曾长期与中国北方游牧民族及中原王朝存在联系，唐朝时曾在此设置安北都护府，元朝时纳入岭北行省管辖。然而，自清朝起，贝加尔湖地区逐渐脱离中国领土范围。
17世纪末，随着清朝与沙皇俄国在东北亚地区的接触增多，双方围绕边界问题展开谈判。1689年，中俄签订《尼布楚条约》，条约明确将贝加尔湖以东至额尔古纳河之间的领土划归俄国，清朝对贝加尔湖地区的管辖权至此终结。此后，尽管清朝在18世纪中期与俄国签订《布连斯奇条约》和《恰克图条约》，进一步划定了中段边界，但贝加尔湖始终处于俄国之下，不再属于中国领土。
从历史进程来看，贝加尔湖在清朝时期因边界条约的签订而正式脱离中国版图，此后的历代政权均未对这一地区恢复管辖，这一局面延续至今。