五所军医大学现多已更名并隶属军种因军事医疗使命不同，形成了各有侧重的优势学科方向，从热带病防治到航空航天医学，从肝胆外科到烧伤急救，每所学校都有其标志性擅长领域。
第一军医大学现南方医科大学以热带医学、器官移植和生物医学工程为核心。作为原总后勤部直属院校，它长期聚焦热带、亚热带地区疾病，在疟疾、登革热等热带病的流行病学研究与防治中成果突出；同时是国内最早开展肾移植手术的单位之一，器官移植技术成熟，累计成移植手术数千例；生物医学工程为国家重点学科，研发了超声诊疗设备、远程医疗系统等多项技术，兼顾军事医疗装备需求与民用转化。
第二军医大学现海军军医大学紧扣海军使命，擅长海军医学、肝胆外科与药学。海军医学领域，在潜水减压病防治、航海晕动病干预、海洋特种作业人员健康维护等方面形成特色，为潜艇、舰艇部队提供核心医疗支持；肝胆外科由吴孟超院士奠基，是国际知名的肝胆疾病诊疗中心，攻克了“中肝叶切除”“肝癌复发转移防治”等难题；药学学科侧重抗肿瘤药物、海洋药物研发，原创药物如“盐酸吡柔比星”“海洋来源抗肿瘤化合物”广泛应用于临床。
第三军医大学现陆军军医大学深耕野战外科、烧伤医学与高原医学。野战外科聚焦战场急救与创伤修复，研发的“野战急救包”“创伤止血凝胶”等技术，大幅提升了战场伤员存活率；烧伤医学是其“金招牌”，烧伤研究所为国家重点实验室，在大面积烧伤救治、瘢痕个性化治疗、烧伤后免疫调理等方面处于国内领先，曾成功救治多名特重度烧伤患者；高原医学针对边防部队需求，开展缺氧适应机制、高原肺水肿防治等研究，研发的“高原抗缺氧口服液”“便携式氧疗设备”直接服务于高原官兵。
第四军医大学现空军军医大学以航空航天医学、口腔医学和眼科为优势。航空航天医学是其特色，拥有国家航空航天医学重点实验室，研究飞行员空间定向障碍、航空性颈椎病、长时间飞行疲劳干预等问题，为空军飞行人员的选拔、训练与健康管理提供支撑；口腔医学是国内顶尖学科，涵盖口腔颌面外科、正畸学、口腔修复学等领域，“四医大口腔”是行业知名品牌，其颌面创伤修复、种植牙技术达到国际先进水平；眼科在玻璃体视网膜手术、角膜移植、白内障超声乳化术等方面技术成熟，同时承担飞行员视力保护、高空视觉障碍防治等研究。
第五军医大学虽于1954年合并入第四军医大学，但其历史上的优势仍清晰——消化内科与传染病学。当年的第五军医大学在门脉高压症诊疗、肝硬化食管胃底静脉曲张破裂出血的内镜治疗等方面成果显著；传染病学领域，针对病毒性肝炎、流行性乙型脑炎等的病原学研究与疫苗开发，为当时的公共卫生防控与部队防疫提供了重要支持。