公益一类事业单位和参公单位虽同属公共服务体系，但在性质定位、管理模式、薪酬结构等方面存在显著差异。
从性质定位看，公益一类事业单位以公益服务为核心，承担基本公共服务职能，如义务教育、基础医疗、科研等，其设立目的是保障民生需求，不参与市场经营，经费主要由财政全额保障。而参公单位全称“参照公务员法管理的事业单位”，虽保留事业单位属性，却参照公务员制度进行管理，多承担特定行政辅助或执法职能，如部分执法队伍、检测机构等，其职能带有较强的公共管理属性。
管理模式上，公益一类事业单位实行事业单位人事管理制度，人员通过公开招聘进入，岗位分为管理岗、专业技术岗和工勤岗，晋升依赖职称评定或岗位竞聘，管理依据《事业单位人事管理条例》。参公单位则公务员管理体系，人员需通过公务员考试录用，执行与公务员一致的职级晋升、考核奖惩制度，其管理规范、任免程序均参照《公务员法》，与行政机关趋同。
薪酬与保障方面，公益一类事业单位人员工资由岗位工资、薪级工资、绩效工资等构成，受财政预算和单位效益影响，部分单位绩效差异较明显；社保、公积金按事业单位标准缴纳。参公单位人员薪酬结构与公务员一致，执行统一的工资标准和津贴补贴政策，福利、医疗、退休待遇也与公务员同等，稳定性和保障水平更高。
职能履行上，公益一类事业单位专于纯公益服务，产出的是公共产品，如学校提供教育、医院提供医疗，不具备行政管理权。参公单位则多承担法律法规授权的公共事务管理职能，如市场监管、环境保护执法等，部分单位依法享有行政处罚权或行政许可权，其工作内容更接近行政机关。
两者的核心差异在于：公益一类事业单位是纯粹的服务主体，社会公益属性；参公单位则是准行政主体，侧重公共管理职能，管理模式向公务员体系靠拢。这种区别决定了两者在人员管理、权责范围和保障机制上的本质不同。