首先，基础运费是核心，按重量和距离综合计算。这里的重量指的是宠物自身重量与笼具重量之和，并非仅仅是宠物的体重。铁路部门会根据这个实际总重量，结合您乘坐列车的运输里程，按照一定的费率来计算基础运费。这个费率通常和普通行李的托运费率类似，但因为宠物属于特殊物品，可能会有一些的规定。简单理，就是宠物和笼子越重，距离越远，这部分费用就越高。
其次，笼具费用另算，合规笼具是前提。如果您能自备铁路规定标准的运输笼具比如坚固、通风、防止宠物逃逸等，那么这部分费用可以节省。但如果您没有合适的笼具，部分车站可能会提供租赁或购买笼具的服务，这时就需要支付相应的笼具费用。这一点很重要，因为如果自备笼具不，可能会被拒绝托运，或者需要现场更换，反而耽误行程并产生支出。
再者，检疫费用需自理，不包含在12306托运服务费内。虽然这不是直接交给铁路部门的费用，但办理宠物托运前，您必须为宠物办理检疫证明，这通常需要在当地的动物卫生监督机构进行，会产生一定的检疫费用。这笔费用是确保宠物健康、运输规定的必要支出，必须提前考虑。
最后，可能存在一些其他杂费或特殊情况。例如，某些情况下可能需要对笼具进行加固包装，这可能会产生少量包装费用。另外，并不是所有列车都办理宠物托运业务，只有部分旅客列车的行李车可以受理，因此在购票和办理托运前，务必确认好车次信息，避免因车次不符而法托运或产生的改签等费用。
综上所述，12306宠物托运的收费是一个动态计算的过程，核心在于总重量和运输距离决定基础运费，笼具是否自备影响附加费用，而检疫等前期准备费用也需要单独承担。在计划托运宠物前，详细了并计算这些方面，才能对总费用有一个清晰的预期。