影片的核心线索围绕艺术修复师莉娅的调查展开。当她在修复过程中发现《蒙娜丽莎》画布下的神秘符号，一场关于文艺复兴时期秘密社团的追寻由此启动。这些符号不仅是艺术密码，更指向一段被刻意尘封的历史——达芬奇与圣殿骑士团的关联。莉娅在密过程中，逐渐意识到罗浮宫馆藏的多件珍品其实是相互关联的“钥匙”，共同守护着足以改写艺术史的真相。
故事的张力在于艺术与阴谋的双线并行。莉娅在卢浮宫迷宫般的展厅与密室中穿梭，每幅画作、每件雕塑都成为线索载体：从断臂的《胜利女神》姿态中隐藏的方位密码，到《维纳斯》雕像基座的几何暗喻，甚至中世纪手稿中的星图符号，都在构建一个庞大的符号网络。这些元素并非孤立存在，而是指向一个关于“艺术即真理”的古老盟约。
影片最终揭示的核心命题是艺术的终极意义：当莉娅在金字塔下拼合所有线索，发现所谓的“秘密”并非金银财宝，而是达芬奇留下的《真理之镜》——一面能映照观者内心对艺术本质认知的棱镜。这一设定将悬疑故事升华为对创作初心的追问：艺术品的价值不在于其物质载体，而在于它能否唤醒人类对美与真相的永恒追求。
在光影流转的卢浮宫中，《罗浮宫谜情》让观众在密的快感中触摸艺术史的脉搏，最终明白：每个时代的创作者都在用作品书写密码，而真正的谜者，是那些愿意用心灵与历史对话的人。