一、创建与初步发展阶段1977-1986年
学院前身可追溯至1977年成立的第二炮兵教导大队，当时主要承担初级指挥干部培训任务，为刚组建的第二炮兵部队培养急需人才。1978年，教导大队扩建为第二炮兵指挥学校，正式纳入军队院校序列，开始系统化、规模化培养指挥军官。这一阶段，学校重点围绕导弹部队基础指挥技能，开设战术指挥、技术保障等课程，为第二炮兵部队建设奠定了人才基础。二、升格与专业化建设阶段1986-2000年
1986年，经中央军委批准，学校升格为第二炮兵指挥学院，成为全军唯一培养战略导弹部队中级指挥人才的高等军事院校。学院在此阶段明确了“培养具备战略思维、精通导弹指挥的复合型人才”目标，增设战略战术研究、导弹武器系统运用等专业，建立起涵盖指挥、参谋、技术保障的整教学体系。1999年，学院被确定为全军“2110工程”重点建设院校，教学设施和科研能力显著提升。三、转型与现代化发展阶段2000-2016年
进入21世纪，学院适应信息化战争需求，深化教学改革，构建“指技融合、军政兼修”的人才培养模式，增设信息化指挥、联合作战等课程。2004年，学院获得硕士学位授予权，2011年成为博士学位授予单位，形成本科、硕士、博士三级培养体系。此阶段，学院向部队输送了大批高素质指挥人才，成为第二炮兵部队战斗力建设的“人才引擎”。四、改革与新质发展阶段2016年至今
2016年，随着中国人民放军深化改革，第二炮兵更名为火箭军，学院随之调整为火箭军指挥学院，职能定位拓展为培养火箭军战略指挥、战役指挥和战术指挥人才。学院强化战略导弹部队特色，聚焦新型武器装备运用、联合作战指挥等领域，推进教学科研与部队实战需求深度对接，为火箭军建设世界一流战略军种提供坚实人才支撑。学院自创建以来，始终坚持为战略导弹部队服务的办学方向，累计培养数万名指挥人才，在我国战略导弹部队发展史上留下了浓墨重彩的一笔。