从原作内容来看，动画第一季仅覆盖了小说前两卷的剧情，后续还有大量未改编的故事线。小说中关于No.6都市的真相、角色身世的秘密以及社会体制的深层矛盾均有更复杂的展开，理论上具备制作第二季的内容基础。然而，小说已于2013年结，多年来缺乏新的商业联动，市场热度逐渐消退，这可能影响续作的开发决策。
从制作层面分析，第一季由骨头社BONES负责制作，该公司以高品质原创动画著称，但近年来项目多集中于《我的英雄学院》等长篇系列，短期内重启《未来都市No.6》的可能性较低。此外，动画第一季的BD销量和收视率表现中等，未能达到现象级作品的商业成绩，这也成为制约续作开发的重要因素。
尽管粉丝对第二季的呼声从未停止，社交平台上仍有大量重温讨论和续作请愿，但官方至今未释放任何积极信号。对于老番续作而言，除非有纪念企划或原作IP再度爆红，否则制作方通常不会轻易启动续作项目。
综合现有信息，《未来都市No.6》目前没有第二季的制作计划。若希望看到后续故事，读者可通过原著小说了整剧情，而动画续作的可能性需持续关官方动态。