关键时刻，问雅以净化之力唤醒被控制的神兵兽，天地盟主与南宫逸等父辈角色除封印加入战场。问天在众人信念加持下，天晶兽进化为“创世天晶”，与玄天邪帝展开空中对决。战斗中揭露玄天邪帝实为玉岛国元首的兄长，因被元始天魔诅咒才堕入黑暗。
最终决战里，问雅以“绿珠护天”净化邪帝体内魔咒，天晶兽与邪帝的神兵“天诛”融合为全新神兵，共同击碎元始天魔的黑暗核心。随着元始天魔彻底封印，被魔化的神兵兽恢复本性，天地间的光明能量重新流动。
结局画面中，问天与问雅回到南宫城，与父母团聚，神兵兽伙伴们在草原上自由奔跑。东方海阁、北冥雪庄等部族恢复和平，曾经的反派角色如天地盟主等在净化后选择归隐。动画最后定格在神兵小将团队高举神兵的剪影中，背景是重焕生机的世界地图。全剧以“爱与勇气战胜邪恶”为核心，在圆满的结局中传递守护和平的信念。