李宗仁晚年长期受呼吸道疾病困扰。1965年从美国回到祖国后，他的身体状况便时好时坏。1968年底，他因感冒引发肺部感染，出现咳嗽、呼吸困难等症状，随后被送往北京医院治疗。据当时的主治医生回忆，李宗仁的肺部存在慢性病变，肺气肿导致肺功能严重受损，感染后引发并发症，最终因呼吸衰竭逝世。
在治疗过程中，医疗团队采取了多种措施，包括抗感染治疗、氧气支持等，但因患者年事已高时年78岁，器官功能衰退，病情逐渐恶化。1969年1月下旬，李宗仁的病情进入危重阶段，尽管医护人员全力抢救，仍未能挽回其生命。
历史文献显示，李宗仁的死因不存在争议，既非意外事故，也非人为谋害，而是自然疾病发展的结果。他的逝世是中国近现代史中的一个节点，相关记载均立足于事实，客观反映了这位历史人物的最终结局。
李宗仁的遗体随后火化，骨灰安放在八宝山革命公墓。他的死因作为历史事实，被载入正式文献，成为研究其生平的重要组成部分，也为理特定历史时期的人物命运提供了依据。