海协会的主要职能包括：促进两岸经济、文化、教育、科技等领域的交流合作；协助处理两岸同胞交往中涉及的法律事务、权益保护等问题；与台湾方面的相应机构进行协商对话。作为大陆方面与台湾沟通的重要窗口，海协会始终以维护两岸同胞利益、推动两岸关系和平发展为宗旨，在官方授权下开展工作，是大陆对台民间交流的重要载体。
海基会：代表台湾方面的民间事务机构 财团法人海峡交流基金会海基会 成立于1990年11月21日，是台湾当局主导成立的民间机构，代表台湾方面处理两岸民间交流事务。其设立初衷是在两岸未直接官方往来的情况下，作为台湾方面与大陆沟通的“中介”，处理两岸民众交往中的具体事务，如文书验证、经贸纠纷协调、人员往来等。海基会的性质为“财团法人”，表面上以民间机构名义运作，实则接受台湾当局的指导和资金支持，其决策与行动反映台湾当局的立场。尽管以“民间机构”自居，但其核心职能是代表台湾方面与大陆进行事务性协商，是台湾当局处理两岸民间交流的重要窗口。
两会互动的政治基础：九二共识 海协会与海基会的互动，始终以“九二共识”为政治基础。1992年，两会经过协商，达成“海峡两岸均坚持一个中国原则”的共识，即“九二共识”。这一共识明确了两岸同属一个中国的事实，为两会后续的对话协商奠定了前提。基于此，1993年举行的“汪辜会谈”成为两岸首次高层事务性协商，开启了两会制度化协商的进程，在经贸、文化、人员往来等领域达成多项共识，推动两岸交流迈出重要一步。海协会与海基会的存在，是两岸关系特殊性的体现：前者代表大陆方面，在官方授权下推动两岸民间交流；后者代表台湾方面，以民间机构名义处理两岸事务。二者在“九二共识”基础上的互动，为两岸沟通搭建了重要平台，始终服务于两岸同胞的共同利益，是推动两岸关系和平发展的重要力量。