面对群臣反对，宋仁宗以“子”为由坚持废后，郭清悟被降为净妃，赐名“清悟”，幽居长乐宫。次年，她又被迁往瑶华宫修行，法名“清悟”。被废后的郭清悟生活孤寂，终日与青灯古佛为伴。 景祐二年1035年，郭清悟突然患病，宋仁宗念及旧情，派人将其接回后宫诊治。然而仅过数日，郭清悟便离奇暴毙，年仅24岁，死因成谜。
郭清悟死后，宋仁宗追复其皇后身份，但未祔庙。她的葬礼规格仅以一品夫人之礼安葬，未能享有皇后应有的尊荣。作为北宋历史上首位被废黜的皇后，郭清悟的结局折射出古代后妃在宫廷斗争中的脆弱命运。 她的悲剧既源于自身的性格缺陷，也受制于封建皇权下的身不由己，最终在权力博弈中沦为牺牲品。