故事的转折点，是何蔓身体的异常。起初只是偶尔的头痛和健忘，她以为是失忆后的后遗症，直到一次摔倒后被确诊：她患上了罕见的脑退化症，且病情正在快速恶化。曾经被“偷走”的五年，成了她与谢宇重新相爱的契机；而此刻，时间却以更残忍的方式“偷走”她的现在——她开始忘记刚刚说过的话，认不出身边的人，甚至连最爱的谢宇，也逐渐变得模糊。
谢宇没有离开。他辞去工作，推掉所有社交，把何蔓带回他们曾经的家。他一遍遍给她讲过去的故事：第一次约会的餐厅，她冒雨送他的围巾，争吵后他写的道歉信。他带她去海边，去他们定情的山顶，试图用熟悉的场景唤醒她的记忆。可记忆像指间的沙，越是用力握紧，流失得越快。有一天，何蔓看着镜子里的自己，突然问谢宇：“你是谁？” 谢宇的眼泪终于决堤，他抱着她，一遍遍地说：“我是谢宇，是爱你的人。”
病情走到终末期，何蔓彻底失去了自理能力，连呼吸都变得困难。清醒的短暂间隙里，她拉着谢宇的手，用微弱的声音说：“让我走吧……别让我这样活着。” 这是她最后的请求——她希望谢宇帮她选择安乐死。谢宇挣扎了很久，他舍不得，却更不愿看着她在痛苦中失去尊严。
结局的最后一个场景，在医院的病房里。谢宇握着何蔓的手，给她讲他们第一次见面的样子：“那天你穿白色连衣裙，站在图书馆门口，阳光洒在你头发上，像发光的天使……” 何蔓的眼睛慢慢亮起来，嘴角浮现出微弱的笑意，仿佛真的回到了那个瞬间。她轻轻回握谢宇的手，然后，手渐渐垂落。
没有激烈的哭喊，没有冗长的告别。何蔓在谢宇的陪伴下，在对最初美好的回忆中，安静地离开了这个世界。而谢宇站在原地，手中还残留着她的温度，窗外的阳光正好，像极了他们初遇的那天——只是这一次，那个穿白裙的女孩，再也不会转过身对他笑了。
这就是《被偷走的那五年》的结局：爱没能战胜时间，却在时间的尽头，留下了最温柔的念想。