一、 综合性本科院校：南通高等教育的基石
* 南通大学 这是南通规模最大、学科最为齐全的公办综合性本科院校，也是南通高等教育的旗帜。 * 深厚的历史渊源与综合实力：南通大学由原南通医学院、南通工学院、南通师范学院于2004年合并组建而成。这三所前身院校都有着悠久的办学历史和鲜明的办学特色，特别是南通医学院的临床医学、南通工学院的机械工程以及南通师范学院的师范类专业，都为新组建的南通大学奠定了坚实的学科基础。因此，南通大学在医学、工学、师范等领域实力突出，同时涵盖了文学、理学、经济学、管理学、艺术学等多个学科门类，真正实现了综合性发展。 * 服务地方，培养应用型人才：作为南通唯一的综合性大学，南通大学紧密结合地方经济社会发展需求，重理论与实践的结合，培养了大量留得住、用得上的高素质应用型人才，为南通乃至江苏的发展提供了重要的人才支撑。* 南通理工学院 这是一所经教育部批准设立的民办普通本科高校，为南通的高等教育入了多元化的活力。 * 以工科为特色，重实践技能：南通理工学院以工科为主，工、管、经、文、艺等多学科协调发展。其办学定位更加侧重于应用型、技能型人才的培养，与市场需求结合紧密，尤其在机械制造、汽车工程、建筑工程等领域培养了许多深受企业欢迎的毕业生。 * 灵活的办学机制与社会适应性：作为民办院校，南通理工学院在专业设置、课程体系和人才培养模式上具有较高的灵活性，能够更快地响应行业发展和社会需求的变化，为学生提供更具针对性的教育服务。
二、 高等职业技术学院：培养技能人才的摇篮
除了本科院校，南通还有多所实力不俗的高等职业技术学院，它们专于培养具有扎实专业技能的应用型、操作型人才，是南通产业发展的重要人力资源保障。* 江苏工程职业技术学院 * 纺织服装特色鲜明，行业底蕴深厚：其前身为南通纺织职业技术学院，依托南通作为中国近代纺织工业发源地之一的深厚底蕴，纺织服装类专业是其传统优势和特色所在，在全国同类院校中享有盛誉。同时，学院也在不断拓展其他工科领域，如机械、电子、建筑等。
* 南通职业大学 * 综合性高职院校，适应面广：作为一所综合性的公办高职院校，南通职业大学开设的专业涵盖了机械、电子、计算机、建筑、管理、服务等多个领域，重培养学生的实践能力和职业素养，毕业生就业率一直保持较高水平。
* 南通科技职业学院 * 聚焦农业与环境，服务地方生态：前身为南通农业职业技术学院，在农业技术、生物技术、环境监测与治理、园林园艺等领域具有较强的专业实力，为南通及周边地区的现代农业和生态文明建设培养了大量实用人才。
* 其他高职院校：如南通航运职业技术学院已并入江苏工程职业技术学院，但航运特色仍在、江苏商贸职业学院等，它们也各自在特定领域为社会培养了大量技能型人才。